Die Musik in Anno 1503 setzt sich nicht mehr aus ganz so bekannten klassischen oder folkloristischen Stücken zusammen wie im Vorgänger Anno 1602. Spielte man dort noch zu den Klängen von Scarborough Fair, Amazing Grace oder aber Bachs Air so sind die Stücke in 1503 weitaus unbekannter. Ein Stück, das Ähnlichkeiten mit dem Auenland Thema aus dem Film Herr der Ringe aufwies, wurde im Nachhinein per Patch entfernt. Umgebungsgeräusche wie z.B. das Hämmern des Steinmetzes, Tiere oder das Markttreiben sind nur noch bei vollem Einzoomen zu hören.

Neu in Anno 1503 ist, dass die Musikstücke nicht einfach nacheinander abgespielt werden, sondern sich beim Scrollen über die Inselwelt den jeweiligen Klimazonen oder Kulturen anpassen. So wird z.B. orientalische Musik gespielt, sobald man eine Maurensiedlung anschaut.

Es ist möglich, die Musik auch abzuschalten. Desweiteren kann man selber Stücke in das Spiel einbinden. Empfohlen seien hierzu HJBs Annoseiten