Das Piratenvolk in Anno 1503 ist eines von zehn Völkern, die neben den Computergegnern die Inselwelt bereichern. Wie bei den anderen Kulturen auch, ist es ebenfalls bei den Piraten nicht möglich, ihre Rolle im Spiel zu übernehmen. Bei Spielstart eines Endlosspieles ist lediglich vorgesehen, sie ganz abzuschalten, sodass sie im Spiel gar nicht erst vorkommen.

Die Piraten machen sich bemerkbar, indem sie die Schiffe der Mitspieler überfallen, beschießen und deren Ladung übernehmen. Dem kann man vorbeugen, indem man im Schiffsmenü Schiffsverhalten des eigenen Handelsschiffes die weiße Flagge hisst. Ist das eigene Handelsschiff mit Kanonen bestückt, wird es im Falle eines Angriffs anhalten und sich mit dem Piratenschiff ein Gefecht liefern. Danach wird es nötig sein, zwecks Reparatur zur Werft zu fahren; im schlechtesten Fall ist das Handelsschiff sogar gesunken. Vorbeugend sollte man daher Handelsschiffe erst gar nicht bewaffnen, denn unbewaffnet hält das angegriffene Schiff nicht an und kassiert im Weiterfahren vielleicht ein oder zwei Treffer, mehr passiert nicht. Ein beladenes Schiff, welches die weiße Flagge gehisst hat und irgendwo ankert, wird zwar nicht angegriffen, aber von vorbeikommenden Piraten ausgeräumt. Es kann also in diesem Fall passieren, dass der unaufmerksame unverhofft Spieler seine Waren sucht.