Die Musik in Anno 1503 setzt sich nicht mehr aus klassischen oder folkloristischen Stücken zusammen wie im Vorgänger Anno 1602. Neu in Anno 1503 ist, dass die Musikstücke nicht einfach nacheinander abgespielt werden, sondern sich beim Scrollen über die Inselwelt den jeweiligen Klimazonen oder Kulturen anpassen. So wird z.B. orientalische Musik gespielt, sobald man eine Maurensiedlung anschaut.

Es ist möglich, die Musik auch abzuschalten. Desweiteren kann man selber Stücke in das Spiel einbinden. Empfohlen seien hierzu HJBs Annoseiten